政府采购合同是招标采购工作成果的集中体现之一，是联系标中和标后两个阶段的重要纽带。依法订立、履行合同，既有利于巩固招标采购成果，也有利于政府采购最终目标的实现。结合多年实践经验，笔者认为，做好这项工作应重点把握以下三个阶段。
阶段一：订立初始合同
掌握原则：不得改变招标采购文件和中标或成交供应商投标文件的实质性内容，确保合同双方权利义务对称、地位平等。
法律依据：《政府采购货物和服务招标投标管理办法》第六十四条。
首先，招标文件和中标或交供应商的投标文件既定的实质性条款绝不能作改动，所签合同必须与其保持一致。采购人必须畏法守法，尊重依法产生的招标结果；供应商也不得存有投机和侥幸心理，不得再对设备配置、质量要求、售后服务、付款方式等实质性条款进行协商谈判。采购人负责招标事务的经办人员与负责合同审核签订的经办人员必须实行分岗分权。中标供应商必须按照中标通知书要求在法定时间内与采购人签订合同，并按照约定兑现投标文件作出的报价、质量、服务等承诺。
其次，集中采购机构等代理机构要负责对本机构代理的招标项目进行合同审核。负责招标事务的人员必须与负责合同审核的人员分岗分权，建立层层审核和责任约束制度，发现情况及时告知当事人，及时纠正，同时向政府采购监管部门报告。对政府采购合同实行公证机构鉴证制度，公证机构在鉴证时要弄清情况，认真核对。
最后，采购合同签订后应及时报同级财政部门备案，财政部门要把合同备案作为审查当事人所签合同的具体内容是否与招标文件及中标供应商投标文件相一致的最后一道关口。如在审查中发现有不一致的，应责令当事人及时纠正，重新签订合同，并依据有关法律规定追究责任。对采购人，要责令其限期改正，给予警告，可并处罚款；对直接负责的主管人员和其他直接责任人员，由其行政主管部门或有关机关给予处分，并予以通报；对供应商可处以采购金额千分之五以上千分之十以下的罚款，列入不良行为记录名单，在一至三年内禁止其参加政府采购活动。
阶段二：追加补充合同
掌握原则：补充合同与初始合同的标的物须为同一类项目或关联项目，金额比例不得超过百分之十，且不得变更初始合同其他条款，间隔期限应控制在初始合同期满后一年内。
法律依据：《政府采购法》第四十九条。
当前，补充合同的使用、签订、履行等还存在诸多不规范的地方。有的通过签订“有名无实”的补充合同徇私舞弊，如采购人为了谋取私利与供应商合谋签订“空头”补充合同，违法占有财政性资金、单位资金。还有的采购人通过签订补充合同肢解采购项目。各地集中采购目录通常都规定了公开招标数额标准，限额标准以下的项目，可采用其他方式采购，个别单位借此“钻空子”，认为反正有补充合同可以补救，故意少报、漏报采购项目规避公开招标。有的还以可签订补充合同为由，人为地突破采购预算，为无计划采购、增加不必要支出寻找借口。《政府采购法》要求加强政府采购预算管理，杜绝实施无预算的采购项目，而少数采购单位曲解补充合同的内涵，放大补充合同的使用范围，错误地认为补充合同不受采购预算的约束。对此，有关部门应加大监督处罚力度。
首先，要做好政府采购法律法规的宣传解释工作，使采购单位经办人员遵循签订补充合同的原则，依法依规行事。
其次，要强化政府采购的预算管理与控制。采购单位在编制采购计划、申报采购项目时要统筹考虑，力求采购项目的完整性。监管部门要重视补充合同的采购计划管理，一方面要防止完整的采购项目被人为肢解，另一方面，对确需签订补充合同的，要从严审查，对无计划或超预算的项目要把关扎口。
最后，要规范补充合同的使用和签订。目前，不少集中采购机构代理的政府采购项目，在合同签订结束后，集中采购机构还需加盖验证章，这种做法对于规范采购合同的签订很有效。各地可参照这一做法，利用集中采购机构掌握采购情况的优势，做好前期审查和鉴证工作，力促补充合同的规范使用。补充合同签订后，采购人应当在规定时间内将合同副本报送财政部门备案，财政部门在接到副本时要及时做好审查工作。
阶段三：合同履行
掌握原则：事前未征得采购人同意，不得多层分包，中标或成交供应商对采购人负“总责”。
法律依据：《政府采购法》第四十八条。
依法分包有利于政府采购合同的履行。中标或成交供应商与采购人签订政府采购合同后，就应接受合同的约束，按照合同的约定履行自己的义务。但是，中标或成交供应商在履行政府采购合同中，对完成其中的某些部分工作不一定具备优势，将该部分工作交给在这方面具有优势的第三方完成，可使合同得到更加有效的履行，对采购人来说也更有利。因此，要明确政府采购合同可以依法采取分包方式履行。
首先，分包须经采购人同意，但不能由采购人自主决定，更不能成为供应商参与政府采购活动的前提条件。经采购人同意，中标或成交供应商可以依法采取分包方式履行合同，采购合同的分包履行必须经过采购人同意，未经同意，不得擅自采用分包方式履行合同。中标或成交供应商取得中标或成交资格，表明其整体条件符合要求，但并不表明对采购项目的所有方面均具有绝对优势，允许其将自己不具优势的部分项目交由更有优势的其他供应商履行。但是，中标或成交供应商必须与采购人进行协商，经采购人同意后，才能采取分包方式履行合同。
其次，分包是为了更好地履行合同，不等于也不能将应由中标或成交供应商的权利义务全部转让。中标或成交供应商虽可以将采购项目的部分项目转让给分包供应商履行，但是不得将全部采购项目或采购项目中的主体或关键性项目转让给其他供应商。
最后，分包履行，中标或成交供应商应承担的责任无可推卸。分包商不但要向主包商负责，而且要向采购人负责。分包履行的，中标或成交供应商就采购项目和分包项目向采购人负责，分包供应商就分包项目承担责任，必须充分保障采购人的各项合法权益不受侵害。分包履行并不改变中标或成交供应商的政府采购合同主体资格，中标或成交供应商必须就采购项目的全部包括分包项目，向采购人承担责任。分包供应商接受分包项目后，也要接受中标或成交供应商与采购人签订的政府采购合同约束，为此分包项目承担相应的法律责任。